El Instituto Milenio de Biología Integrativa iBio recoge el legado de dos Núcleos Milenio (NM) independientes y reconocidos internacionalmente: el NM en Biología Integrativa Fúngica y Sintética y el NM en Biología Sintética y de Sistemas Vegetales, dirigidos por Luis Larrondo y Rodrigo Gutiérrez, respectivamente. Ambos NM llevaron a cabo programas de investigación pionera en áreas naturalmente sinérgicas: la biología fúngica y vegetal.
El iBio nace oficialmente el 28 de diciembre de 2017, fecha de la resolución del Ministerio de Economía Fomento y Turismo que aprueba nuestro convenio de financiamiento, el que tendrá una duración de diez años, sujeto una evaluación a realizarse al quinto año. Nos adjudicamos este proyecto luego de una exhaustiva evaluación competitiva realizada en el marco del concurso de Institutos Científicos del programa Iniciativa Científica Milenio de ese año, siendo nuestro centro uno de los tres seleccionados de entre más de treinta proyectos postulantes.